La gouvernance de Transitions Pro Hauts-de-France est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales salariés et des organisations employeurs. La présidence de Transitions Pro Hauts-de-France est actuellement assurée par Matthieu Tezenas du Montcel, représentant du MEDEF, et Christophe Courquin, Vice-Président, mandaté par la CFDT.
Le réseau des 18 Transitions Pro est coordonné par Certif Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.